DNA laboratoriet - Genetik og diversitet

DNA-laboratoriet rummer det nyeste udstyr til isolering af DNA- og RNA af høj kvalitet og prøveforberedelse til massiv parallel sekventering til forskning i skovgenetik og økologi.

DNA laboratoriet rummer 4-5 arbejdspladser og har en fast laborant tilknyttet. Laboratoriet indeholder alt nødvendigt udstyr til prøveforberedelse og homogenisering af forskellige prøvetyper (blade, rødder, træ, jord) til isolering af DNA og RNA af høj kvalitet til forskellige anvendelser (f.eks. hel-genomsekventering, udvikling af DNA-markører, metabarcoding-analyser, analyser af metagenomer og transkriptomer).

DNA-laboratoriet inkluderer faciliteter til genotypebestemmelse og taksonomisk identifikation, qPCR-assays til identifikation og kvantificering af udvalgte skadevoldere, samt til studier af træers respons på forskellige stimuli på transkriptionsniveau. DNA-laboratoriet tilbyder alle faciliteter til prøveforberedelse med henblik på massiv parallel sekventering.

 

  • Homogeniseringsudstyr (Fastprep-24 5g instrument og Retsch MM400)
  • TapeStation 4200, Agilent Technologies Aps
  • Qubit 3 Fluorometer
  • NanoDrop 2000 Spectrophotometer
  • PCR maskiner
  • Sekvenator (ABI3130xl)
  • qPCR instrument (Stratagene Mx3005P)

 

 

  • Indsigt i det rhizosfæriske mycobiom af sund sitkagran
  • Første undersøgelse af hjemmehørende ege i Danmark baseret på fuld genomsekventering
  • Udviklingen af plastomer i europæiske ege - molekylær datering og selektionsanalyser
  • ”De novo samling” af kloroplastgenomer: Med Quercus robur og Q. petraea som eksempel
  • Diversitet af overfladeaktive leddyr i unge skove i Danmark

 

DNA-laboratoriet bruges af postdocs, ph.d.-studerende, kandidatstuderende og nforskningsassistenter.

Laboratoriet leverer data til brug inden for forædling og populationsgenetik, og til undersøgelser af samspillet mellem træer, deres skadevoldere og associerede gavnlige mikrober, til forvaltning og bevaring af skovtræer. Et kernefokusområde er at understøtte tilpasning af skovtræer til miljøændringer og nye kommende udfordringer med det formål at sikre fremtidige robuste skove.

Molekylære værktøjer bruges til at studere adaptive processer i skovtræer, til identifikation af godt genetisk materiale, til at identificere problematiske skadedyr og patogener og til at studere samspillet mellem skadedyr, patogener, deres vært og værtens mikrobiom.